不同型号超声破碎仪（P60、Pico、Plus）打断基因组DNA对比测试
实验基本信息
• 日期：2025年6月3日
• 实验目的：对比 P60、Pico 与 Plus 三种机型在超声打断基因组DNA时的效果。
• 样品准备：
◦ 选取了4个基因组DNA样本。
◦ 原样本处理：取约50μL原样本，加入约250μL 1×TE缓冲液进行稀释。
◦ 最终体积：稀释至300μL后，各取100μL进行超声打断实验。
样品浓度及分组
样本编号 | 浓度 | 初始取样与稀释备注 |
091 | 19.4 ng/μL | 取50μL + 250μL TE(目标浓度约4ng/μL) |
111 | 38.2 ng/μL | 取70μL + 230μL TE(目标浓度约9ng/μL) |
104 | 58.4 ng/μL | 取75μL + 230μL TE(目标浓度约13ng/μL) |
003 | 72.8 ng/μL | 取80μL + 230μL TE(目标浓度约20ng/μL) |
实验分组与超声条件
1. Pico 组 (使用0.5mL适配器)
• 091 (C1): 100μL，条件：30s开/60s关 (30/60s)，6个循环 (6C)。
• 111 (C2): 100μL，条件：6个循环 + 7个循环 = 13个循环 (6+7=13C)。
• 104 (C3): 100μL，条件：6个循环 (6C)。
• 003 (C4): 100μL，条件：6个循环 + 7个循环 = 13个循环 (6+7=13C)。
2. Plus 组 高功率档位(使用0.5mL适配器)
• 091 (L1): 100μL，条件：30s开/90s关 (30/90s)，10个循环 (10C)。
• 111 (L2): 100μL，条件：30s开/90s关 (30/90s)，15个循环 (15C)。
• 104 (L3): 100μL，条件：30s开/90s关 (30/90s)，10个循环 (10C)。
• 003 (L4): 100μL，条件：30s开/90s关 (30/90s)，15个循环 (15C)。
3. P60 组，原型机振幅60%
• 091 (P1): 100μL，条件：30开/90s关，20个循环 (5+5+10=20C)。
• 111 (P2): 100μL，条件：30开/90s关，30个循环 (5+5+10+10=30C)。
• 104 (P3): 100μL，条件：30开/90s关，20个循环 (5+5+10=20C)。
• 003 (P4): 100μL，条件：30开/90s关，30个循环 (5+5+10+10=30C)。
关键操作备注
1. 中间离心：在循环数每达到5个循环，需取出样品管进行离心一次。
2. 循环定义：默认以“30s开/30s关”作为1个循环的标准，
由于循环数不多，方案临时修改为60s关或90s关。
3. 适配器说明：Pico 、Plus 和P60机型都是使用 0.5mL 样品管架，管架空孔使用 100μL 1×TE 对照管补齐进行实验。
结论：
• Pico：打断结果正常。
• Plus：打断不理想，峰值在600多bp
• P60：打断最差，峰值在900bp（P1、P3）；700bp（P2、P4）。
后续分析与建议：
• Pico打断结果正常，仪器性能稳定，作为DNA打断仪可谓名副其实！
• Plus打断不理想，猜测可能是样品管架用错了，导致样品管入水深度太浅。
• 国产原型机P60的打断结果不理想，推测国产原型机设置60%振幅过大，导致水波动幅度太大，导致样品无法有效超声。
后续尝试使用50%振幅做测试。
检测仪器：Qsep400毛细管电泳仪
