原型机70%振幅与30%振幅对基因组DNA打断的对比试验
实验基本信息
• 日期：2025年5月22日
• 实验目的：0.5mL管底距离超声头7mm时，70%振幅与30%振幅两种参数下的对比试验。
• 样品准备：准备了四个基因组样品。由于原液不足100μL，故均加入TE缓冲液补足至130μL。样品按浓度由小到大排序。
样品与分组详情
样品编号 | 浓度 | 分组 (P70) | 分组 (P30) |
218 | 20.2 ng/μL | ①号管 (取100μL, 15个循环) | ②号管 (剩余70μL, 15个循环) |
215 | 22.6 ng/μL | ③号管 (取100μL, 15个循环) | ④号管 (剩余80μL, 15个循环) |
212 | 33.0 ng/μL | ⑤号管 (取100μL, 30个循环) | ⑥号管 (剩余90μL, 30个循环) |
209 | 45.2 ng/μL | ⑦号管 (取100μL, 30个循环) | ⑧号管 (剩余90μL, 30个循环) |
分液说明：130μL TE稀释后，先各取100μL加入①③⑤⑦号管，剩余全部加入②④⑥⑧号管（其中②号管仅剩70μL左右）。
超声处理条件
• 总时间/循环设置：
◦ 15个循环 (15C)：针对样品 ①、②、③、④。设置为 30秒开 / 30秒关 (30/30s)。
◦ 30个循环 (30C)：针对样品 ⑤、⑥、⑦、⑧。设置为 30秒开 / 30秒关 (30/30s)。
• 振幅设置：
◦ 70%振幅组：样品 ①、③、⑤、⑦
◦ 30%振幅组：样品 ②、④、⑥、⑧
后续处理
• 检测：①-⑧号管均以上述方式超声处理完毕后，各取12μL送检做琼脂糖电泳。
• 保存：剩余样品保存，以备再次超声处理。
结果分析
• 检测：①-⑧号管条带区间没有明显区别，片段峰值均在300bp左右。
• 总结：1、管底距离超声头7mm可以打断至300bp；
2、30%振幅和70%振幅打断结果区别不明显，猜测30%振幅时超声能量足够应付；
3、振幅足够的前提下，打断效果主要与打断时间相关；
4、管底距离太远，导致片段最小打断到300bp；
5、核酸浓度在50 ng/μL范围内，打断效果区别不明显。
