Diagenode公司专注于高质量生物样品的制备和致力于研发最先进的实验方案。处理DNA,染色质或RNA样品,从中获得合适的片段大小是很多实验至关重要的技术流程。 Diagenode公司开发的水槽式超声破碎仪(Bioruptor®系列制备150bp - 2KB),一个独特的台式超声波设备(ONE®制备150bp - 1KB)和一个独特的流体剪切仪(megaruptor®制备2KB的- 75kb)基本涵盖了目前的应用范畴。Bioruptor® Plus专门设计用于ChIP-PCR,同时具备普通超声破碎仪的所有功能(匀浆组织、破碎细胞、抽提蛋白等),Bioruptor® Pico 设计为六万赫兹的频率,特别适合核酸小片段化,用于ChIP-Seq和NGS。对于目前方兴未艾的三代测序,需要更长的核酸片段来支撑,这就是Megaruptor®的设计初衷,Megaruptor®剪切获得的大片段DNA响应实验要求,片段分布集中。ONE®是新的桌面解决方案,利用特殊的玻片式容器装载微量核酸样品直接置于超声源上,剪切高效快速,一体化的台式设计,为NGS样本前处理创新出另一条理想方法。
为了满足当前表观遗传学相关的各种实验亟待高通量流程化的迫切要求,Diagenode公司开发了SX-8G IP-Star®紧凑型全自动系统,该系统提供多重灵活的参数设定用来满足各种复杂的实验条件。简单易用的触摸屏允许多参数并行操作,处理后的样品能够兼容qPCR仪、微阵列和二代测序等后期处理,同时仪器本身可以全自动完成 ChIP和DNA 甲基化操作。该平台灵活多样,不仅用来二代测序文库准备还可用于样品纯化。鉴于SX-8G IP-Star®高度的自动化流程,无人值守,最大化避免操作人员干预,最大限度地保证了数据的准确性和重复性。
一、主体部件
1、8个独立磁性液体分注头:高通量,同时可做1~48个样本,可快速处理不同的表观遗传学处理程序,进行精确的试剂配置,试剂分注,样本混合,磁珠吸附,样本清洗与纯化等步骤,没有人为的操作误差,保证具有卓越的重复性。其中的磁力架可分离磁珠式试剂盒中的磁珠与试剂,可减少磁珠式试剂盒自动化机械操作的繁琐
2、触控式液晶屏幕操作系统:不需连接计算机,操作方便
3、96孔板放置架及吸管尖放置架:可精确固定96孔板与吸管尖的位置,让磁性液体分注头在移动时更精确移液分注
4、两组96孔PCR管升降温模块:满足表观遗传学实验步骤中需要严格控温的需求,可独立升降温,仪器可同时处理需要不同温度处理的样本或试剂,大量节省操作的时间
5、废弃吸管弃置槽:可自动回收废弃的吸管,避免交叉污染
二、主要技术指标
1、仪器主要功能为进行表观遗传学样本前处理,内含预设各种表观遗传学实验程序,自动进行ChIP实验及DNA甲基化实验,二代测序文库建立以及其他相关实验
2、至少含8个独立液体分注头,可随着不同的表观遗传学处理程序,进行试剂配置,试剂分注,样本混合,磁珠吸附,样本清洗与纯化等步骤,而且至少一次可处理8~16个表观遗传学样本,以96孔板模式依次进行磁珠活化,杂交,清洗,纯化等步骤
2.1 分注头的分液体积范围:5-200μl
2.2 分注头分液精确性:5-9μl: < 20%;10-20μl: < 5%;21-200μl: < 2%
2.3 分注头上需有磁力架装置,可分离磁珠式试剂盒中的磁珠与试剂,减少磁珠式试剂盒自动化机械操作的困难度
2.4 具防滴漏装置,预防仪器运做过程中液体滴落造成污染
3、触控式液晶屏幕操作系统,无需计算机操作简便
4、仪器可兼容一般性耗材,包括:
4.1 圆底96孔板
4.2 带滤芯吸管;8或12连排PCR管
4.3 大型试剂容器
4.4 中型试剂容器
4.5 2ml离心管等
5、仪器中需含两个96孔PCR管的升降温模块,而且每个升降温模块可独立控温,适合不同的表观遗传学实验需求,其中:
· 升降温模块的升降温范围:4°C-95°C
· 模块的升降温速度的升温速度:+0.12°C/sec
降温速度:-0.08°C/sec
· 模块升降温的准确性:±0.2°C
6、具废弃吸管弃置槽,可放置程序进行中产生的废弃吸管及液体
7、开放式的程序平台允许修改流程参数,便于优化各种实验方案
8、一体式设计,规矩紧凑,上拉门设计,节约实验室空间
9、Magtration®技术:SX-8G IP-Star®紧凑型全自动系统同样采用磁珠分离的原理。吸附染色质或DNA的磁珠在强大的磁场下被粘附在吸头的内壁上,这完全不同于收集DNA于反应池底部的其他品牌,基于此创新,保证了DNA样本更纯净同时减少DNA样本不必要的损耗。
三、仪器用途
· Chromatin immunoprecipitation (ChIP)
· Methylated DNA Immunoprecipitation (MeDIP)
· Hydroxymethylated DNA Immunoprecipitation (hMeDIP)
· Methyl-binding domain protein capture assays (MethylCap)
· Sequential ChIP (Re-ChIP)
· Bisulfite conversion
· DNA purification (IPure)
· Library preparation for Next generation sequencing (NGS) platforms